Die Prefecture hat knapp 120.000 Einwohner, im Ballungsraum leben etwa 280.000 Menschen.
Der Ort liegt in einer Schleife des Doubs am nördlichen Rand der Berge des französischen Jura. Im Umkreis von etwa 90 Kilometern liegen die Nachbarstädte Dijon in Burgund, Lausanne in der Schweiz, Belfort am Fuß des Elsass und die Grenze zu Deutschland bei Mulhouse. Paris ist etwa 330 Kilometer entfernt, nach Lyon im Süd-Westen und Straßburg im Nord-Osten beträgt die Entfernung jeweils etwa 190 Kilometer.
Besancon hat römischen Wurzeln und konnte im Mittelalter den Status als freie Stadt im Heiligen Römischen Reich erlangen und bewahren. Während des 17. Jahrhunderts war die Region der heutigen Franche-Comté hart umkämpft, erst seit 1678 ist Besançon Teil Frankreichs. Nach der französischen Eroberung wurde die Stadt stark befestigt. Im Zuge der Industrialisierung wurde Besançon Zentrum der französischen Uhren- und Textilindustrie. Heute ist die Stadt führend in den Bereichen Mikro- und Nanotechnologie.
Zu Beginn des Zweiten Weltkriegs marschierte die deutsche Armee am 16. Juni 1940 in Besançon ein und wurde Teil des für deutsche Besiedlung vorgesehenen Frankreich, wobei die Demarkationslinie nur 30 km westlich der Stadt verlief. Im Fall eines deutschen Siegs im Zweiten Weltkrieg wäre Besançon Teil des Deutschen Reichs geworden. Die Stadt blieb zunächst von größeren Zertörungen verschont. Im Juli 1943 gab es jedoch einen Bombenangriff durch die britische Luftwaffe, bei dem ein Bomber auf den Bahnhof stürzte und 50 Tote und 40 Schwerverletzte zu beklagen waren. Die Résistance wurde in Besançon relativ spät aktiv: die ersten Attentate wurden im Frühling 1942 durchgeführt. Die Gestapo antwortete mit Verhaftungen; am 26. September 1943 wurden in der Zitadelle von Besançon 16 Mitglieder der Résistance hingerichtet, 83 weitere erlitten in der Folge das gleiche Schicksal. Am 6. September 1944 wurde Besançon von amerikanischen Infanteriedivisionen die in der Provence gelandet waren, eingenommen, General Charles de Gaulle besuchte das befreite Besançon am 23. September 1944.
