Die Stadt mit etwa 17.700 Einwohnern liegt im Jura unweit der Schweizer Grenze am Oberlauf des Doubs. Sie ist mit einer Höhenlage von 837 m die am zweithöchsten gelegene Stadt Frankreichs nach Briançon.
Dank ihrer geographischen Lage spielte die Stadt schon früh eine bedeutende Rolle für den Warenaustausch zwischen Nord- und Südeuropa, im 12. Jahrhundert wurde sie zum Handelszentrum. Die Stadt litt im Laufe der Geschichte unter zahlreichen durch ihre Grenzlage bedingten Invasionen. Außerdem erlebte sie schwere Brände, die auf die notwendige Beheizung in den strengen Wintermonaten zurückzuführen waren. Die immer wiederkehrenden Brände bewogen die Einwohner schließlich, die Häuser nicht mehr aus Holz, sondern aus Stein zu erbauen.
Im 19. Jahrhundert Pontarlier Hauptstadt der Absinth-Produktion, 1805 wurde von Henri-Louis Pernod die erste Absinth-Destillerie eröffnet. Durch das Absinth-Verbot 1914 spielte dieser Wirtschaftszweig keine Rolle mehr, bis die Destillerie Pernot Fils 2001 wieder mit der Produktion begann. Die Bedeutung der Absinthproduktion wird in einem von der Destillerie Pierre Guy eingerichteten privaten Museum dargestellt, in der auch Absinth verkostet wird. Diese Destillerie hat auf kuriose Weise zur Aufklärung eines geologischen Sachverhalts beigetragen: 1901 brannte die Fabrik ab; dabei flossen über 1 Million Liter Absinth in den nahe gelegenen Doubs. Erstaunlicherweise nahm das Wasser in der Quelle der Loue, die ca. 15 km entfernt liegt, Geruch und Farbe von verdünntem Absinth an. Seitdem weiß man um die unterirdische Verbindung der beiden Gewässer.
Im Deutsch-Französischen Krieg 1870/71 gelangte Pontarlier dadurch zu Bedeutung, dass hier die bei Belfort geschlagene französische Ostarmee über die Schweizer Grenze ging, nachdem sie von der preußischen Südarmee umfasst und abgeschnitten worden war. Als der Übertritt in die Schweiz schon im Gang war, griffen die Preußen am 1. Februar die französische Nachhut bei Pontarlier an, nahmen die Stadt ein.
